O Programa de Pós-Graduação em Ciência da Informação começou a funcionar de modo autônomo em 2006, a partir da aprovação formal da CAPES, para os níveis de Mestrado e Doutorado.

O novo programa está ancorado no legado acadêmico construído pelos docentes envolvidos na área de concentração em Ciência da Informação do Programa de Pós-Graduação em Ciências da Comunicação da Escola de Comunicações e Artes da USP. A situação da pós-graduação nessa área de concentração apresentou dois momentos distintos: num primeiro momento, iniciado em 1972, restringia-se ao mestrado; a partir de 1980 passou a oferecer o doutorado, tendo sido o primeiro e único doutorado brasileiro por 12 anos.

Até 1990, respondia pela área de concentração intitulada 'Biblioteconomia' no Programa de Pós-Graduação em Ciências da Comunicação. A partir de 1991, consolida-se a área de concentração em 'Ciência da Informação e Documentação', tendo sido aprovado no primeiro semestre de 1993 no Conselho de Pós-Graduação da USP. Este curso, porém, foi recomendado pela CAPES em 1995 intitulando-se apenas como 'Programa de Pós-Graduação em Ciências'. Esse programa passa, a partir de 1997, a se denominar 'Programa de Pós em Ciências da Comunicação', com várias áreas de concentração, dentre elas a de Ciência da Informação e Documentação.

Em 2006, o Programa de Pós-Graduação em Ciência da Informação ganha sua autonomia em relação ao de Ciências da Comunicação, em atendimento à recomendação da CAPES em suas avaliações anuais.

As várias mudanças fazem parte da história do curso. Os 30 anos de existência foram marcados por intensa e profícua produção acadêmica e participação na construção e consolidação da CI no país, tanto no que se refere à constituição teórico-conceitual como à formação dos primeiros pesquisadores brasileiros e do corpo docente dos demais programas brasileiros, em nível de graduação e de pós-graduação na área.

Atualmente, o Programa tem uma área de concentração - Cultura e Informação. e três linhas de pesquisa: Apropiração Social da Informação , Gestão de Dispositivo de Informação e Organização da Informação e do Conhecimento.